Berdasarkan visi di atas ditetapkan misi Madrasah Aliyah Negeri 2 Flores

Timur sebagai berikut:

1. Mewujudkan madrasah ber-Akhlak, lulusan Rahmatan Lil 'Alamin;
2. Mewujudkan lulusan unggul melalui “Asah Bakat, Ukir Prestasi”;
3. Membentuk karakter lulusan yang “Berpikir Global, Bertindak Lokal”;
4. Menyelenggarakan pembelajaran yang “Cakap Digital, Bijak Berteknologi”;
5. Membangung iklim madrasah yang ber-“SDM Unggul, Etos Kerja Tangguh”;
6. Membangun kemitraan strategis melalui “Sinergi Kuat, Kolaborasi Hebat”;