Madrasah Aliyah Negeri 2 Flores Timur awalnya merupakan Madrasah Aliyah Swasta Plus Tarbiyatul Islamiyah Lamakera yang dikelola oleh Yayasan Tarbiyatul Islamiyah Kabupaten Flores Timur. Didirikan pada tahun 2010 yang diinisiasi dan diprakarsai oleh Dr. H. M. Ali Taher Parasong, SH. M.Hum (waktu itu sebagai Staf Khusus Menteri Kehutanan RI). Beliau memiliki keinginan besar untuk menghadirkan madrasah aliyah di Lamakera Kabupaten Flores Timur sebagai wujud dari kepeduliannya terhadap keberlanjutan pendidikan anak-anak bangsa di daerah terpencil yang jauh dari akses pendidikan menengah keagamaan Islam, sekaligus untuk memastikan anak-anak orang miskin dapat memperoleh pendidikan menengah yang layak dan memadai tanpa harus merantau ke lain daerah.
Keinginan ini disampaikan kepada tokoh-tokoh masyarakat Lamakera dan bersama-sama merekomendasikan kepada Yayasan Tarbiyatul Islamiyah Perwakilan Kabupaten Flores Timur untuk mendirikannya. Yayasan menyetujuinya dan kemudian mendirikan madrasah aliyah dan diberi namaMadrasah Aliyah Swasta Plus Tarbiyatul Islamiyah Lamakera, dan menetapkan alm. Achmad Hasan, A.Md sebagai Kepala Madrasah pertama. Dalam masa tahun 2010 ini dilakukan sosialisasi pendiriannya ke masyarakat, dan pada tahun pelajaran 2011/2012 mulai menerima siswa angkatan pertama. Kemudian pada tahun 2012 memperoleh izin operasional dari Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi NTT melalui SK Kakanwil Kementerian Agama Provinsi NTTNomor: KW.20.2/3/PP 00.11/5981/2012 Tanggal 12
Desember 2012.
Gedung yang dipakai adalah gedung MIS Tarbiyatul Islamiyah Lamakera (sekarang MIN 5 Flores Timur) beserta sarana dan prasarana lainnya selama 4 tahun (2011 s.d. 2014), yang waktu itu sangat jauh dari memadai. Pada tahun 2015 mulai menggunakan gedungnya sendiri di area Bukit Peradaban Ibrahim Dasi Lamakera Desa Watobuku Solor Timur Flores Timur NTT.
Gedung sendiri ini diperoleh dari bantuan Kanwil Kementerian Agama Provinsi NTT (Bidang Pendidikan Islam), berupa satu unit bangunan dengan dua ruang kelas kemudian disekat menjadi empat ruang belajar. Karena ada enam rombongan belajar, maka diupayakan dua ruang belajar lagi. Akhirnya diputuskan untuk membangun satu unit darurat terdiri dari dua ruang kelas darurat (masing-masing berukuran 4.5 x 3 M²); bertiang bambu, berdinding sebagian dari belahan bambu dan sebagainnya lagi memakai seng bekas, beratap seng bekas, serta berlantai tanah.
Pada awal tahun 2018 dibangun satu RKB melalui swadaya masyarakat. Bangunan ini sampai sekarang belum rampung dan belum dilanjutkan karena pertimbangan letaknya yang tidak telalu sesuai. Dalam tahun 2018 ini juga MAS Plus Tarbiyatul Islamiyah Lamakera dinegerikan atau beralih status menjadi madrasah negeri dengan nama Madrasah Aliyah Negeri 2 Flores Timur melalui Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 535 Tahun 2018 Tanggal 27 Agustus 2018.
Pada tahun 2019 Direktorat Jenderal Pendidikan Islam memberikan bantuan pembangunan Gedung Workshop Keterampilan beserta peralatan menjahit beserta meubelernya dengan dana yang bersumber dari Surat berharga Syariah Negara (SBSN). Sungguh, bantuan ini merupakan bantuan yang sangat berharga bagi pengembangan MAN 2 Flores Timur. Gedung WorkshopKeterampilan ini untuk ukuran daerah Nusa Tenggara Timur merupakan gedung yang megah, dan telah menumbuhkan kepercayaan diri keluarga besar MAN 2 Flores Timur. Dampak langsungnya adalah bertambahnya minat lulusan SMP/MTs untuk bermadrasah di MAN 2 Flores Timur.
Bukan hanya itu, pada tahun 2020 Direktorat Jenderal Pendidikan Islam kembali memberikan bantuan pembangunan Gedung Asrama Terpadu lengkap dengan meubelernya, juga dari dana yang bersumber dari Surat berharga Syariah Negara (SBSN). Gedung Asrama Terpadu ini terdiri dari dua lantai, sebagaimana juga Gedung Workshop Keterampilan. Dengan adanya AsramaTerpadu, MAN 2 Flroes Timur bersiap mensosialisasikan diri lebih luas ke wilayah lintas kabupaten untuk menarik lulusan MTs/SMP bermadrasah di MAN 2 Flores Timur.